最終報告書
17年前の事件の真相
金崎玲子（当時は旧姓：山田玲子）は自分の教育理念をもとにした新しい学園の設立を実現させたいと渇望していた。だが、実績のない金崎は相手にされず、何年も設立の許可が下りずにいた。そのため、当時の山田勲刑事局長（現在の内閣官房副長官）に政治資金という名の賄賂を用立てして何とか取り入った。
しかしその関係が発覚しそうになり、山田局長はその罪を自分の運転担当である松山義則さんになすりつけた。罪を着せられた松山さんは、自分の無実を証明するため、唯一の証拠・金崎が所持する裏帳簿を入手。だが、それに気づいた金崎と口論の末、金崎が松山さんを突き飛ばし、その拍子で飛ばされた裏帳簿の切れ端とともに松山さんは海に転落。死亡した。
捜査に当たっていた香坂敦史警部は、松山さんが手にしていた切れ端を発見。捜査を進めた敦史さんは山田局長と金崎の癒着に気がついた。だが山田局長は、事実を隠蔽し、松山さんを自殺と処理するよう指示を出した。
敦史さんは、悔しい思いをかみ殺して、いったんは組織に従おうとした。そんな中、金崎から自首の相談を受けた敦史さん。警察組織という絶対的縦社会の中、上司の命令を守るべきか、自首するという思いを酌むべきか悩んだ末、自らの退職を賭してまでも金崎に自首するよう促した。
だが、その約束はすんでのところで断ち切られてしまった。敦史さんは切れ端と自らの退職届を富永に差し出す。富永は「証拠は自分が預かる、あとは任せておけ」と言う一方で、隠蔽を選んだ。そして金崎に自首を止めるよう説得し、金崎を丸め込んだ。さらに、富永は敦史さんに、息子（香坂真一郎警部）の将来を盾に説得。その後、富永は証拠のもみ消しを担当刑事の小野田（現在の捜査一課長）に命じた。
江口警部殺害事件の真相
江口警部は、内偵捜査を指示した小野田捜査一課長と口論になり、自分にはもう捜査の時間がないと察知。直接金崎に17年前の事件の真相を問い質した。この件で金崎は、事件の核心に迫る江口警部をこのままにしておけない、と江口警部に殺意が芽生え、事件当夜、学園の屋上で横沢と待ち合わせ場所にいた江口警部の頭上から、鉄骨を落として殺害した。
殺害後、金崎は携帯で富永に殺害を報告。報告を受けた富永は偽装工作を行い、横沢の犯行に見せかけた。