あらすじ:
黄門さま(佐野浅夫)一行は徳山の領地に入った。一行とは別行動のお銀(由美かおる)と飛猿(野村将希)は、おいと(及川佳奈)、梅吉(平川優也)という子供が、男たちに乱暴されているところに出会い、二人を助けた。
事情を聞くと二人は兄弟ではなく、二人とも両親がいないという。自然(じねん・芦屋雁之助)という僧の寺で、親のいない他の子供たちと一緒に畑仕事をしながら暮らしていた。
三年前に大水が出て、多くの人が死に子供たちだけが生き残った。あわれに思った自然が、托鉢をしながら子供たちの世話をしていたところ、藩主の生母・聖涼院(岡田千代)の目に止まり、雨風をしのぐために寺を与えられ、保護されるようになったということだ。
男手ひとつで子供たちを養う自然に黄門さまは感心するのだった。子供たちはお銀を母親のように慕うようになった。
ところが、聖涼院亡き後、山奉行の山代軍太夫(大丈史)が材木問屋の浪花屋倉衛門(常泉忠通)と手を組んで山を切り開き、私腹を肥やそうと企てた。軍太夫は自然の寺がじゃまになり、子供たちが山に入ると、しばしばいやがらせを仕掛けてくるという。だが、聖涼院の加護があり、軍太夫といえどもうかつには手を出せない。
ところで、軍太夫は農民たちを山の作業に駆り立て、畑仕事をさせないので人々は困り果てていた。こうなったら直訴しかないと訴えに来た農民のために、自然は訴状をしたためてやった。しかし、それは浪花屋たちが仕掛けた罠で、訴状は軍太夫の手に渡り、自然は囚われの身となった。
直訴は極刑だ。自然の身を案じた子供たちは八兵衛(高橋元太郎)と共に救出に向かおうとするのだが…。
黄門さま(佐野浅夫)一行は、豊後高田に到着した。一行が人の悲鳴を聞き、寺の山門に駆けつけると、朝吉(江藤潤)という農民が盗賊たちに襲われていた。助さん(あおい輝彦)、格さん(伊吹吾朗)の活躍で、朝吉は軽傷ですんだが、寺の住職と子坊主は皆殺され、仏像が持ち去られていた。
近年、神社仏閣を襲い、仏像などを盗む強盗が頻発しているという。江戸、上方に売りさばくらしいのだが、残虐な手口が特徴だ。朝吉が見た人相から、蝮の源心(関根大学)という忍びが頭目だということが分かった。お銀(由美かおる)、飛猿(野村将希)が調べに走るが、なかなか手強く尻尾をつかませない。
ところで、肥後高田一帯は、島原藩などの飛び地に幕府の直轄領が入り乱れているため、取り締まりが難しく源心たちは野放し状態だ。そのため郡奉行が巡見に来ることになった。この地を取り締まる代官の黒崎監物(長谷川明男)はそれまでに何とか、賊を捕まえたいと必死になっている。黒崎は、朝吉が一味を手引きしてとでっち上げ、朝吉を捕らえてしまった。
実は、黒崎こそが、源心一味を裏で操っていたのだ。回船問屋灘屋(石山律雄)と手を結び、盗んだ仏像を売りさばき、私腹を肥やしていた。また、朝吉は十年ほど前は武士で、黒崎の部下だった。黒崎の悪事の肩代わりをさせられそうになり、妻のおきく(藤吉久美子)と一緒に蓄電したのだった。
黒崎は過去の不正を知る朝吉を磔にし、口封じを企む。それまでに源心を捕まえねばならない。期限は三日、お銀、飛猿は源心一味と忍同士の激しい死闘を繰り広げていた。
黄門さま(佐野浅夫)一行は佐伯(さいき)に着いた。佐伯では鰯の漁が盛んで、人々の生活を支えていた。
鰯は畑の肥料として使われる。代官の大野九太夫(中丸新将)はその商いを大坂屋(田中日弘史)に独占させ、私腹を肥やしている。ところが、大坂屋が裏取り引きの証文が入った財布をすり取られたため、大野は役人を使い必死に財布を探していた。
黄門さまたちも玉木清太郎(島英臣)ほかの役人に呼び止められ、取り調べを受けた。その時、玉木がご禁制のオランダ語の書物を持っていたことが分かったが、黄門さまの機転で清太郎はお咎めを受けずにすんだ。
黄門さま一行は清太郎の紹介で丸屋という旅籠に泊まることになった。黄門さまは清太郎の妻、春(麻乃佳世)から清太郎が高価なオランダ語の本を買うために惜しげもなく金を使うと悩みを聞かされた。しかも蘭語は学問を禁じられている。黄門さまは清太郎が人々のために新しい学問を志していることを知り、春を励ますのだった。
ところで、清太郎は偶然大坂屋の財布を拾い、中を確かめて驚いた。大野は清太郎を長崎に留学させることを餌に懐柔しようとするが、失敗。それならば清太郎を亡き者にしようと刺客を差し向けるが…
黄門さま(佐野浅夫)一行は高千穂に着いた。黄門さまは十年ぶりに墓参りに帰って来たという、お紺(杉田かおる)という若い女と知り合った。また、黄門さまは酒浸りで仕事もしない神楽面作りの職人清次(田中隆三)がいることも知った。清次のことを心配する相良陣内(荒木しげる)によると、清次は腕の良い職人なのだが、面を作るための木がが手に入らないために仕事ができず、酒に溺れているのだという。
木彫細工問屋の日向屋(工藤堅大良)は代官の萩原大膳(伊吹剛)と結託して、面作りのための木を独占していた。清次には材料が手に入らない仕組みになっている。
清次は十年前日向屋で奉公していた、おかよと恋仲になった。二人は駆け落ちしたが、なぜか翌日清次は一人で帰ってきたという。それ以来おかよは行方不明だ。
お銀(由美かおる)たちの調べで、お紺がおかよだということが分かった。駆け落ちの夜おかよは、清次にとっては職人として技を極めるほうが幸せだと気付き、身を引いたのだった。
しかし、お紺は十年ぶりに清次が荒んだ暮らしをしていることを知り、もう一度仕事をして欲しいと願う。黄門さまに清次のために材料を手に入れて欲しいと頼む。
黄門さまは清次とお紺が今でも愛し合っていることに気付き二人を結び付けてやりたいと思うのだったが…。
黄門さま(佐野浅夫)一行は延岡へ。延岡では無堂夜十郎(堀田真三)を頭目とする山陰(やまげ)党という浪人者の集団が旅人などを襲い、人々に恐れられていた。
黄門さまたちも、おけい(弓場さおり)、お梅(鎌田めぐみ)たち若い女を宿場に送って行く権次(広瀬義宣)一行が山陰党に襲われているところを助けた。藩目付の荻野信吾(松井誠)は山陰党の取り締まりに孤軍奮闘していた。が、深追いしすぎて深手を負う。通りかかった飛猿(野村将希)が信吾を手当する。
一方、お銀(由美かおる)は次席家老の桑原壱岐(中村万隆)の息子市之丞(草見潤平)に乱暴されそうになった、信吾の妻菊江(佳山まりほ)を助ける。
桑原壱岐は町奉行竹内陣内(潮哲也)、廻船問屋浦島屋重兵衛(田口計)と共に港の拡張工事を行い、私腹を肥やそうとしていた。それに反対した網元の吉次郎(西園寺章雄)は、重兵衛の息のかかったものに殺されそうになったが、弥七(中谷一郎)に助けられ、命拾いする。
藩の政治を我がものにしようとする桑原にとって邪魔なのは、国家老の金森仁左衛門(高城淳一)だけだ。山陰党も金森の追い落としをねらって桑原が仕組んだもので、夜十郎も桑原に仕官させてやるとだまされていた。
相次ぐ山陰党の被害に、幕府直轄の代官が乗り出すことになった。桑原は金森に責めを負わせようと企てるのだった…。