あらすじ：
【第１話】「将軍が最も恐れた男」（江戸）（2001年4月2日放送・２時間スペシャル）
水戸徳川家二代目藩主、光圀（石坂浩二）は、江戸・小石川にある上屋敷の中に彰考館を作り、多くの学者を集めて「大日本史」編纂に力を注いでいた。その中に光圀を父と仰ぐ若い学者、渥美格之進（山田純大）がいた。
貞享元年（1684年）8月、その彰考館に急報が届いた。五代将軍綱吉（堤大二郎）が権力を握る江戸城で、刃傷事件が起きたのだ。光圀は急ぎ城中へ。理不尽な裁きが行われたと知って、光圀は怒りをあらわにした。
光圀の親友である大名、鍋島元武（長門裕之）は事件の裏に陰謀があり、次は光圀の命が狙われるとの噂を伝え、光圀に注意をうながす。
そんな折り、綱吉は天下の悪法、生類憐れみの令を発布。人々が苦しむ姿に光圀は心を痛める。
ところで、幕府では六代将軍の座を巡って、水面下で激しい争いが起こっていた。甲府宰相綱豊（花柳錦之輔）を推す光圀は、綱吉にとっては目の上のこぶだ。綱吉の意を受けた側用人柳沢吉保（橋爪淳）は、光圀を狙い刺客を放つ。
その中には変装の名人、素破の次郎坊（コロッケ）の姿もあった。しかし、佐々木助三郎（岸本祐二）の活躍で暗殺は失敗する。おるい（加賀まりこ）は光圀の身を案じている。
一方、格之進は刺客を追って江戸へ。刺客につながる娘、おくみ（渡辺梓）と知り合う。病魔に冒されながらも健気に生きるおくみに格之進はひかれるようになる。
その頃、幕府内では光圀を引退させようとする動きが激化。綱吉、吉保の企みにより、光圀は中納言の官位を拝命した後、隠居する。
やがて次郎坊は綱豊の命をも狙う。その時、くノ一疾風のお絹（由美かおる）とその手下、せん（清水あすか）、みつ（児玉百合香）、ひで（尾上彩）が現れ、綱豊の命を救うのだったが…。
【第２話】「藩を揺るがす贈り物」（水戸）（2001年4月9日放送）
隠居した光圀（石坂浩二）は江戸から水戸へ移る。光圀は早速、母の墓に手を合わせるのだった。
墓参の帰り道、光圀はやえ（大方斐紗子）弥作（頭師佳孝）母子に会った。病身のやえを背負って山を越え、医者に通っているという孝行息子の弥作に、光圀は心打たれる。光圀は農作業にも熱心な弥作に高価な朝鮮人参を与え、それを栽培するよう勧めるのだった。
一方、助三郎（岸本祐二）と格之進（山田純大）たちは「大日本史」編纂の資料となる書籍を水戸へ運んでいた。道中、一行に吠えかかった犬がいて、助三郎が犬を打ち据えたところ、犬目付が現れる。
おるい（加賀まりこ）も慣れない一人旅で水戸へと向かった。
ところで、光圀の存在を快く思ってない柳沢吉保（橋爪淳）は、将軍からの贈り物としてつるのつがいを光圀に送る。使者の侍は、生類憐れみの令が水戸藩で守られているかを検分する役目を負っているという。藩士の望月庄左衛門（沼田爆）は無事にすめばよいがと、心細く思っていた。
案の定、ある朝つるが野犬に殺されて発見された。前夜つるの番をしていた弥作が、罪に問われることになる。つるを殺した者は死罪だ。
助三郎は自分が打ち据えた犬がつるを殺したとにらむ。光圀が暴いた、つる殺しの真犯人とは…。
【第３話】「光圀を狙え！」（水戸）（2001年4月16日放送）
水戸藩では、水戸徳川家がこの地を治める前にこの土地に住んでいた、佐竹藩の残党と水戸の役人との間でしばしば争いが起こっていた。佐竹党を名乗る鎌田八郎（石田登星）たちは水戸家の支配に強い不満を募らせていた。
ところで光圀（石坂浩二）は、助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）を伴って、薬草を探すために出掛けた水郷地帯で、土地の測量をしていた、松波勘一郎（石橋保）とお美代（有沢妃呂子）に出会った。勘一郎は水郷をつないで船で行き来できるようにすれば、江戸とも商売が出きるようになり、人々の暮らしを豊かにすることが出きると、夢を語る。
若者らしくさわやかな勘一郎に好感をもった光圀は、正確な測量の技術などを伝え、夢の実現のため頑張るよう勘一郎を励ますのだった。
勘一郎とお美代も佐竹の残党の仲間だ。
そのころ柳沢吉保（橋爪淳）が光圀を狙って放った刺客の速水兵庫（木村栄）は鎌田たちに接触し、佐竹党を世に認めさせるために光圀を殺すようけしかける。
光圀の危機を知り、それを伝えようとしたお美代は速水に捕らえられてしまった。
光圀は佐竹党と話をするため、自ら一味の中へ交わって行くのだったが…。
【第４話】「珍客駆け込む西山荘」（水戸）（2001年4月23日放送）
東海道は駿河国・江尻宿。興津鯛を馳走すると、御老公一行が案内された船小屋。
その船小屋が焼き討ちの急襲に遭う。危機一髪！豪快な剣さばきで、一行を助けたのは山根喬之助（加山雄三）と名乗る浪人者。
「襲ったのは誰か？」・・・探索する見返りに金を要求する山根・・・格は胡散臭い男と警戒するが、助は意気投合する。宿場で連日呑み明かす山根と助。
そこで出会った若い同心に、山根は駿府城の絵図面持ち出しを依頼する。「山根の狙いは？」・・・疑問を抱く助。
江戸で飛猿が嗅ぎつけた新たな事実・・・現駿府城代・小出帯刀（大出俊）には江戸勤め時代、愛人が居た・・・愛人は小出家の奉公人で、小出との関係が因で命を失ったという。しかもそれがお銀と瓜二つの上、実は山根の妹だったのだ。
さっそく御老公は真偽を確かめるべく、身分を明かし、駿府城に乗り込む。
お銀を見て、亡霊と怯える小出。
山根の狙いは駿府城に眠る神君家康公の隠し金。それを奪うことによって、小出を引責失脚させ妹の仇を討とうというのである。助は、謀略に御老公を一枚噛ませようとする山根の人質であった。天下を畏れぬ大罪・・・抜き差しならぬ状況に嵌った助・・・。
命の恩人・山根の謀略の全容を知り、懊悩する御老公・・・。
解き明かされる「小出と愛人の真実」。迫り来る「小出の城代失脚を目論む複数の影」。緊張の中、刻々と時は過ぎ、いよいよ助と山根が駿府城に乗り込む夜がきた。
果たして、神君家康公の隠し金は本当にあるのか！？謎が、陰謀が、怨念が・・・そして愛が交錯する！
徳川ゆかりの地で、御老公の英知が冴え渡る！！
【第５話】「波瀾万丈の旅立ち」（甲府）（2001年4月30日放送）
光圀（石坂浩二）は、助三郎（岸本祐二）と格之進（山田純大）を連れて甲府へと向かっていた。身分を隠し、旅の隠居とそのお供という出で立ちだ。侍の身のこなしが抜けず、ぎこちない格之進の動きに、思わず笑みがこぼれる光圀だった。
その数日前、西山荘におはる（島崎路子）という娘が光圀を訪ねて来た。おはるによると甲府宰相綱豊（花柳錦之輔）は近ごろ酒に溺れ、乱暴を働いているという。
綱豊をいさめることが出きるのは光圀しかいないと言って、おはるは倒れた。病身のおはるは命を賭けて水戸まで駆け付けたのだった。助三郎は、光圀の命を狙う一味のわなかも知れないと警告するが、綱豊の身を案じる光圀は甲府へ向かうことになった。 光圀は勝沼の宿で旅の途中の松尾芭蕉（佐川満男）と知り合う。風流な話題でうち解ける光圀と芭蕉だった。
その頃おるい（加賀まりこ）が、おはるが死んだと、悲しい知らせを水戸から持ってきた。おるいと格之進はおはるの兄羽佐間正次郎（荒木しげる）におはるの最期を伝えるのだった。
そしてある夜、一行は旅籠の戸を叩くけたたましい音で目が覚めた。庄屋の八右衛門（芝本正）が殿様に斬られたというのだ。噂は本当だったのか。光圀は真相を探ろうとするのだった…。