ひき逃げ事件の被害者・八田道夫（山川勝之）と同時期に大使館書記官としてコロンビアに赴任していた人物が現警察庁警備局公安課長・
折口秀彦（飯田基祐）、そして、その当時の上司が現警察庁長官官房総括審議官・
上條（生瀬勝久）だったことが判明した。
上條は、外務省の人間たちを違法な囮捜査に利用して出世の道具にしていたのか…？
竜崎（杉本哲太）は外務省の
内山（堀部圭亮）を呼び出し、その良心に訴えることで、外務省の機密情報を得ようと動く。
伊丹（古田新太）は、公安に主導権を握られつつある東大井の外務省職員の殺人事件の被害者もコロンビア大使館員だったことから、２つの捜査本部を束ね、大森北署を捜査本部とすることで情報を1つに集めることで圧力に対抗しようと竜崎に持ちかける。
それに対し竜崎は、
野間崎（古舘寛治）を自分の専任に就けることを条件に引き受けると同時に、
戸高（安田顕）刑事が掴んできた、ひき逃げの容疑者で麻薬取締部の
矢島（升毅）が追う隆東会幹部の天木兼一（今奈良孝行）の身柄を抑えるための逮捕状を伊丹に請求した。
天木への逮捕状を請求したことを知った上條は、厚労省へと内通し警察庁から圧力をかけ捜査自体の封じ込みにかかる。
圧倒的不利な状況の中、正義を貫こうとする強い意志と心で対抗する竜崎と伊丹だが…。