本当のインビジブルは、キリコ(柴咲コウ)の弟・キリヒト(永山絢斗)だった・・・。
姉を取り戻すために突然姿を現したキリヒトは、安野(平埜生成)が殺害された3年前の事件も自分がコーディネートしたと志村(高橋一生)に告げる。さらに、現在進行中の事件をほのめかし、今回依頼されたターゲットのうちの一人でも救うことができたらキリコを諦めると言い残し、去っていく。キリヒトを捕まえれば、いくつかの未解決事件の真相が解明され、新たな犯罪を食い止めることもできると緊急配備による捜索を強化する警察。
やがて、キリヒトの予告通り新たな犠牲者1人が発見される。その残忍な手口を聞いたキリコは、医師免許を持つ「ドクター」の仕業だと志村に告げる。磯ヶ谷(有岡大貴)と夏樹(堀田茜)が被害者の身辺を調べると、同様に命を狙われそうな人物2人が浮上する。