3年前の事件にキリコ(柴咲コウ)は本当に関与しているのか・・・。
腑に落ちない志村(高橋一生)は、「インビジブルに頼まれた」と証言した武入(鈴之助)に再び会い、ある確信を得る。
しかし、その武入が検察への護送中に何者かに連れ去られてしまう。
一方、犬飼(原田泰造)は上層部からインビジブルを切るよう指示されていた。ところが、当のキリコは民宿から行方をくらましていた。
やはりキリコと武入はつながっているのか。二人の緊急配備が敷かれる。
志村は、鑑識の近松(谷恭輔)の協力で、ハッカーのラビアンローズ(DAIGO)から、重罪犯を逃がして多額の報酬を得る「逃がし屋」の存在を聞き、武入を連れ去った「逃がし屋」に接近。
そして、また新たに闇に隠れたインビジブルの影がみえてきて・・・。