【第６話】「危機一髪！影武者大作戦」（高崎）（2001年5月7日放送）
  光圀一行は高崎へ。光圀は学問の師との再会を喜ぶ。その事を知った綱吉と吉保は、 無理難題を光圀に押しつける。 劇中、光圀が師に振る舞う麺料理は、今日のラーメンのようなもの。光圀が、日本 で初めてラーメンを食べたと伝えられることからヒント得たエピソード。 料理はプロ級の石坂の、鮮やかな麺打ちの腕前がみもの。
 光圀（石坂浩二）と助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）は甲府から高崎へ向かった。高崎の少林寺にいる光圀の学問の師、東皐心越禅師（とうこうしんえつぜんじ・山田吾一）を訪ねるためだ。光圀は師との再会を喜ぶ。
師は助三郎、格之進にも貴重な書物を読ませ、熱心に学ぼうとする若い二人に目を細める。 その頃江戸では、光圀が高崎にいることを知った綱吉（堤大二郎）と吉保（橋爪淳）が、光圀の行動を苦々しく思っていた。吉保は光圀の息子綱條（島英臣）を呼び出し、光圀に五日後に江戸へ上るよう命じる。高崎から江戸へ五日では無理だ。
 藤井紋太夫（大出俊）からその知らせを聞き、井上玄桐（山本學）と望月庄左衛門（沼田爆）は困り果てる。さらに幕府から使者として派遣された国井左近（篠塚勝）が水戸に到着した。
おるい（加賀まりこ）のとっさの機転で、玄桐を光圀の影武者に仕立てることになった。玄桐を国井に対面させないまま、影武者の行列は江戸へと向かう。
吉保は高崎藩主・安藤重博（江藤潤）に光圀を捜し出すよう命じる。さらに刺客も放ち光圀の命を狙う。
一方光圀は、お娟（由美かおる）と女忍びたちに護られながら、江戸へと急いでいた…
【第７話】「笛の音哀しき上意討ち」（伊勢）（2001年5月14日放送）
 光圀一行は伊勢へ。ところが光圀が突然侍に襲われる。
襲った侍は上意討ちを命じら れていた。
侍が抱える悲しい事情とは…
光圀（石坂浩二）と助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）はおるい（加賀まりこ）と共に大日本史編纂の資料を求めて伊勢へ向った。伊勢神宮にいるはずのおるいの知人は留守で、五日後に行われる御神楽の奉納まで帰らないという。一行はしばらく滞在することになった。
ところが、雑木林を散策していた光圀が突然片岡源次郎（赤羽秀之）という侍に切り掛かられる。源次郎は人違いだったと謝るばかりだが、深い事情があるらしい。その時、おるいが吹いていた笛に何か関係があるようだ。
実は源次郎は荒牧彦九郎（井上高志）らと共に、河合弥五郎を上意討ちするために捜していたのだ。
 光圀とおるいは、おるいの笛を作った笛師を訪ねる。しかし笛師はすでにこの世になく、今は弟子の弥兵衛（高橋長英）とその孫志乃（佐藤友紀）がひっそりと住んでいた。弥兵衛は御神楽に奉納する笛作りに没頭している。
やがて弥兵衛が弥五郎だということが分かる。源次郎と志乃は、恋仲だった。光圀は、笛が完成するまでは弥兵衛を斬るのを思いとどまるよう、源次郎を説得する。
ところで弥兵衛は、藩内で不正が行われていることを知り、それを正そうとしたところ、悪人たちに襲われ、身を守るため人を斬ってしまったと光圀に打ち明ける。悪事の証拠も敵の手に渡ってしまった。荒牧も悪の一味だ。
志乃を連れて逃げようとする源次郎を、荒牧たちが襲う…
【第８話】「友よ、立ち上がれ！」（奈良）（2001年5月21日放送）
 光圀一行は奈良へ。街は大仏開眼法要会が行われるために賑わっていた。法要会を取 り仕切る奈良奉行は、助三郎の学問の友だ。 しかし徒党を組んだ浪人一味が街を襲い、大金を要求する。それに屈しようとする 友を助三郎は叱咤する。 光圀は一味を退治するため、一計を案じる…
光圀（石坂浩二）と助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）は、大日本史編纂に欠かせない聖徳太子の資料を求めて奈良へ。奈良奉行を務める永井平四郎（田中実）は助三郎の学問の友だ。
奈良では東大寺大仏の開眼供養会が開かれることになっており、多くの人が集まり賑わっていた。光圀は才蔵（柄沢次郎）、あかね（鳥居かほり）夫婦の人形の遣いの見事な技に、目を細める。
 ところが村上源八郎（四方堂亘）を頭とする無頼集団が現れ、人々を蹴散らして暴れる。奈良奉行所の役人も集団には手がでない。
村上は、職を失った浪人を集め、世直しをするとしながらも、実は金集めを目論んでいた。
奉行所のふがいなさに腹を立てた助三郎が、平四郎を訪ねたところ、平四郎は自分の保身を考えるばかりで、悪を取り締まろうとはしない。
ところで才蔵夫婦は幼い子供を村上に殺され、その仇を討とうとすきをうかがっていたが失敗。お娟（由美かおる）と女忍びに救われる。
やがて村上は開眼供養会を無事済ませるために二千両払えと平四郎を脅迫する。それに屈しようとする平四郎を助三郎は叱咤する。
光圀は悪党一味を退治する一計を案じる…
【第９話】「老公の運命を握った女」（熊野）（2001年5月28日放送）
 光圀一行は熊野へ。だが山中光圀は助三郎、格之進とはぐれてしまう。偶然見つけた 山小屋で、光圀は若い頃ひいきにしていた女と出合う。 だがその小屋は、盗賊の隠れ家で、光圀は人質になってしまう。女が光圀の命を救 おうとするが…
紀州国熊野の山中。助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）とはぐれてしまった光圀（石坂浩二）は、山小屋を見つけ行者の仙三（由地慶伍）と女房のおみち（小松千春）に一晩泊めてくれるよう頼む。親切そうな夫婦に光圀は安堵する。
目が不自由なおみちを見て光圀は驚いた。光圀が、花街に通っていた若い頃幼女だったみどりだったからである。
 懐かしく昔話をする光圀とおみちだったが、仙三は光圀を殺して金を奪おうと、恐ろしいことを企んでいた。仙三は行者に化けた盗賊の一味なのだ。
おみちは仙三に光圀の身分を明かし、人質にして紀州藩から身代金を取ったほうが大金が手に入ると提案する。おみちは時間稼ぎをして光圀を救おうと考えた。
仙三は光圀に紀州藩へ金を工面するよう手紙を書かせ、勘定方組頭の岩城兵庫（藤堂新二）に届ける。岩城が仙三たちを影で操っていたのだ。
一方、助三郎と格之進は、光圀が盗賊に捕らえられたことを知り、お娟（由美かおる）と女忍びの力を借りて探す。
欲の深い岩城は、仙三たちも裏切り、光圀を亡き者にし、金と出世を手に入れようとするが…
【第１０話】「石屋は頑固で石頭」（有馬温泉）（2001年6月4日放送）
 温泉で旅の疲れを癒す光圀と格之進。このシーンは本当の露天風呂で撮影されたが、 この湯にお娟も入浴する。今シリーズでも由美かおるの入浴シーンが復活。 お銀のお風呂のシーンが人気の由美だったが、これまではすべてセットで撮影され ていた。「『水戸黄門』で初めて本当の温泉に入れました」とご機嫌。
光圀（石坂浩二）と格之進（山田純大）は、旅の疲れを有馬温泉で癒していた。そのすきを次郎坊（コロッケ）が襲おうとするが、お娟（由美かおる）とくノ一が防いだ。
その頃助三郎（岸本祐二）は、一足先に湊川へ向っていた。湊川には楠木正成の墓があるが、光圀はそれが荒れ放題になっていると知り、石碑を建立しようと考えたのだ。
 助三郎は腕が良いと評判の石工、伝兵衛（石田太郎）に仕事を依頼するが、断わられてしまう。伝兵衛はたいへんな頑固者だ。光圀も頭を下げるが、伝兵衛は手をけがしてしまったと、やはり首を縦には振らない。
実は頼りの一番弟子、太吉（若林久弥）が数日前店を飛び出してしまっていたのだ。
太吉は伝兵衛の娘おふみ（深山凛）と恋仲で、夫婦になる許しを得ようとしたところ、伝兵衛とけんか別れになった。
二人を仲直りさせることができるのはおふみしかいないと、光圀。おふみは伝兵衛の寿命が短いと太吉にうそをつく。
一方、太吉が光圀の仕事で大金を手にすることを知った郡奉行の神田幸三郎（伊藤 敏八）は、その金を巻き上げようと、悪巧み。石碑建立に便乗して甘い汁を吸おうとする悪を光圀が叱る！
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