【第１話】「将軍が最も恐れた男」（江戸）（2001年4月7日放送・２時間スペシャル）
  石坂浩二黄門再び。今シリーズは初回からヒゲ姿の黄門さまが登場。助三郎、格之進、お娟、おるいもさらにパワーアップしてストーリーを支える。前シリーズでは光圀の命を狙う刺客として登場した次郎坊が忍びの技を捨て、陰陽師として生きる決心をする。
光圀は尾張大納言光友から、朝廷から日光東照宮への使い、例幣使に悪い噂があることを聞く。朝廷と幕府間亀裂にもなりかねない大問題を解決するべく、光圀一行は日光を目指す。
 水戸徳川家二代目藩主、光圀（石坂浩二）は、江戸・小石川にある上屋敷の中に彰考館を作り、多くの学者を集めて「大日本史」編纂に力を注いでいた。その中に光圀を父と仰ぐ若い学者、渥美格之進（山田純大）がいた。
貞享元年（1684年）8月、その彰考館に急報が届いた。五代将軍綱吉（堤大二郎）が権力を握る江戸城で、刃傷事件が起きたのだ。光圀は急ぎ城中へ。理不尽な裁きが行われたと知って、光圀は怒りをあらわにした。
光圀の親友である大名、鍋島元武（長門裕之）は事件の裏に陰謀があり、次は光圀の命が狙われるとの噂を伝え、光圀に注意をうながす。
そんな折り、綱吉は天下の悪法、生類憐れみの令を発布。人々が苦しむ姿に光圀は心を痛める。
ところで、幕府では六代将軍の座を巡って、水面下で激しい争いが起こっていた。甲府宰相綱豊（花柳錦之輔）を推す光圀は、綱吉にとっては目の上のこぶだ。綱吉の意を受けた側用人柳沢吉保（橋爪淳）は、光圀を狙い刺客を放つ。
 その中には変装の名人、素破の次郎坊（コロッケ）の姿もあった。しかし、佐々木助三郎（岸本祐二）の活躍で暗殺は失敗する。おるい（加賀まりこ）は光圀の身を案じている。
一方、格之進は刺客を追って江戸へ。刺客につながる娘、おくみ（渡辺梓）と知り合う。病魔に冒されながらも健気に生きるおくみに格之進はひかれるようになる。
その頃、幕府内では光圀を引退させようとする動きが激化。綱吉、吉保の企みにより、光圀は中納言の官位を拝命した後、隠居する。
やがて次郎坊は綱豊の命をも狙う。その時、くノ一疾風のお絹（由美かおる）とその手下、せん（清水あすか）、みつ（児玉百合香）、ひで（尾上彩）が現れ、綱豊の命を救うのだったが・・・
【第２話】「藩を揺るがす贈り物」（水戸）（2001年4月9日放送）
 隠居して水戸へ戻った光圀は病身の母を熱心に看病する息子に出会い、心打たれる。母の薬にもなる朝鮮人参を息子に与え、栽培することを勧める。 一方、将軍からの贈り物として光圀の元へつるのつがいが届く。だがそのつるが野犬に殺され、光圀は窮地に立たされる…
隠居した光圀（石坂浩二）は江戸から水戸へ移る。光圀は早速、母の墓に手を合わせるのだった。
墓参の帰り道、光圀はやえ（大方斐紗子）弥作（頭師佳孝）母子に会った。病身のやえを背負って山を越え、医者に通っているという孝行息子の弥作に、光圀は心打たれる。光圀は農作業にも熱心な弥作に高価な朝鮮人参を与え、それを栽培するよう勧めるのだった。
一方、助三郎（岸本祐二）と格之進（山田純大）たちは「大日本史」編纂の資料となる書籍を水戸へ運んでいた。道中、一行に吠えかかった犬がいて、助三郎が犬を打ち据えたところ、犬目付が現れる。
 おるい（加賀まりこ）も慣れない一人旅で水戸へと向かった。
ところで、光圀の存在を快く思ってない柳沢吉保（橋爪淳）は、将軍からの贈り物としてつるのつがいを光圀に送る。使者の侍は、生類憐れみの令が水戸藩で守られているかを検分する役目を負っているという。藩士の望月庄左衛門（沼田爆）は無事にすめばよいがと、心細く思っていた。
案の定、ある朝つるが野犬に殺されて発見された。前夜つるの番をしていた弥作が、罪に問われることになる。つるを殺した者は死罪だ。
助三郎は自分が打ち据えた犬がつるを殺したとにらむ。光圀が暴いた、つる殺しの真犯人とは・・・
【第３話】「光圀を狙え！」（水戸）（2001年4月16日放送）
 徳川家が水戸を治める以前にこの地に住んでいた、佐竹藩の残党と水戸の役人の間で争いごとが絶えなかった。そのすきに乗じ、柳沢の刺客が光圀を狙う！ 一方光圀は人々の繁栄を夢見て、水郷地帯の開発にかける若者に好意をもち、励ますのだったが…
水戸藩では、水戸徳川家がこの地を治める前にこの土地に住んでいた、佐竹藩の残党と水戸の役人との間でしばしば争いが起こっていた。佐竹党を名乗る鎌田八郎（石田登星）たちは水戸家の支配に強い不満を募らせていた。
ところで光圀（石坂浩二）は、助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）を伴って、薬草を探すために出掛けた水郷地帯で、土地の測量をしていた、松波勘一郎（石橋保）とお美代（有沢妃呂子）に出会った。勘一郎は水郷をつないで船で行き来できるようにすれば、江戸とも商売が出きるようになり、人々の暮らしを豊かにすることが出きると、夢を語る。
 若者らしくさわやかな勘一郎に好感をもった光圀は、正確な測量の技術などを伝え、夢の実現のため頑張るよう勘一郎を励ますのだった。
勘一郎とお美代も佐竹の残党の仲間だ。
そのころ柳沢吉保（橋爪淳）が光圀を狙って放った刺客の速水兵庫（木村栄）は鎌田たちに接触し、佐竹党を世に認めさせるために光圀を殺すようけしかける。
光圀の危機を知り、それを伝えようとしたお美代は速水に捕らえられてしまった。
光圀は佐竹党と話をするため、自ら一味の中へ交わって行くのだったが・・・
【第４話】「珍客駆け込む西山荘」（水戸）（2001年4月23日放送）
 光圀の親友鍋島元武は、オランダ商館のケンペルと共に将軍綱吉に謁見するが、ケンペルは綱吉に辱めを受ける。 将軍の愚かさを諸外国に明らかにすると、怒りが収まらないケンペルに、元武は日本にも世界に目を向けた大人物がいると釈明する。 元武とケンペルはそれぞれ光圀を訪ねて、水戸の西山荘へと向かうが…
西山荘に落ち着いた光圀（石坂浩二）は、「大日本史」編纂のための書籍整理や薬草採集などをして、穏やかな日々を過ごしていた。
一方江戸城では、光圀の親友鍋島元武（長門裕之）が、オランダ商館の医師ケンペル（ケント・ギルバート）を伴って将軍綱吉（堤大二郎）に謁見していた。
 その席で綱吉はケンペルに酒に酔った姿を見せろと強要する。慌てて取りなす元武だが、綱吉は聞く耳を持たず、ケンペルは屈辱感にうちのめさる。ケンペルは、事の次第をオランダ国王に報告すると激怒。ほかの外国にも、将軍の愚かさを明らかにすると怒りが収まらない。
元武は、日本にも世界に目を向けた人物がいると、ケンペルに語り、光圀に会って欲しいと説得する。元武は光圀とケンペルと会わせるため、法を犯して水戸へと向かう。自分のために、元武が身を危険にさらしたことを知ったケンペルも水戸へと旅立つ。
ケンペルは、光圀の人物の大きさにすっかり魅了される。助三郎（岸本祐二）、格之進（山田純大）もケンペルから異国の話を聞き、興味津々だ。
綱吉と柳沢吉保（橋爪淳）は、禁を犯した元武とケンペルを罰して、光圀も窮地に陥れようとするのだが…
【第５話】「波瀾万丈の旅立ち」（甲府）（2001年4月30日放送）
 光圀が次期将軍に推す、甲府宰相綱豊が酒に溺れて人を傷つけていると噂を聞き、光圀は助三郎、格之進と共に甲府へと旅立つ。 いよいよ光圀主従の漫遊の旅が始まる！ 勝沼の旅籠で光圀は旅の途中の松尾芭蕉に出会い、風流な話題に話が弾む。 ある夜一行は、旅籠の戸を叩く激しい音に目が覚める。庄屋が何者かに斬りつけられたのだ。殿様に斬られたという庄屋の言葉に驚く一行だったが…
光圀（石坂浩二）は、助三郎（岸本祐二）と格之進（山田純大）を連れて甲府へと向かっていた。身分を隠し、旅の隠居とそのお供という出で立ちだ。侍の身のこなしが抜けず、ぎこちない格之進の動きに、思わず笑みがこぼれる光圀だった。
その数日前、西山荘におはる（島崎路子）という娘が光圀を訪ねて来た。おはるによると甲府宰相綱豊（花柳錦之輔）は近ごろ酒に溺れ、乱暴を働いているという。
綱豊をいさめることが出きるのは光圀しかいないと言って、おはるは倒れた。病身のおはるは命を賭けて水戸まで駆け付けたのだった。
 助三郎は、光圀の命を狙う一味のわなかも知れないと警告するが、綱豊の身を案じる光圀は甲府へ向かうことになった。
光圀は勝沼の宿で旅の途中の松尾芭蕉（佐川満男）と知り合う。風流な話題でうち解ける光圀と芭蕉だった。
その頃おるい（加賀まりこ）が、おはるが死んだと、悲しい知らせを水戸から持ってきた。おるいと格之進はおはるの兄羽佐間正次郎（荒木しげる）におはるの最期を伝えるのだった。
そしてある夜、一行は旅籠の戸を叩くけたたましい音で目が覚めた。庄屋の八右衛門（芝本正）が殿様に斬られたというのだ。噂は本当だったのか。光圀は真相を探ろうとするのだった…
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