高性能爆弾を入手したという容疑者M・三神雅也(郭智博)が、とある倉庫街に現れるという情報を掴んだ川口刑事部長(里見浩太朗)は、安積班を急行させた。
そこで三神と遭遇するも取り逃がす安積班。とそこで、小池(福士誠治)が不審車両の爆発に巻き込まれた!これは三神の罠だったのか!?
事件解明のためとはいえ、これ以上部下を生命の危険にさらされたくない安積は、川口刑事部長が、なぜ三神の情報を知り得たのか疑問を持ち、真山捜査一課長(高島礼子)に川口刑事部長の通話記録を懲戒免職覚悟で調べさせてくれと依頼する。
そんな時、安積が川口との関係を疑っていた、三神の両親殺しに加わったとされる「木曜日の子供」のメンバーで、現在は通信会社社長・稲垣徹(清水紘治)が射殺され発見されたとの連絡が入った…。
ほどなく、使用された爆弾は高性能のプラスチック爆弾で、起爆装置はセンサーで連動、人が近寄るとスイッチは入るタイプだと、丸岡(六平直政)から報告が。これは軍の破壊工作員かテロ組織などが使用するものらしく、三神の犯行だとすると警察にとってかなりの脅威となるという。
安積班は、命の危険を感じながら、三神が接触する可能性の高い樋口亜希子(井上和香)と町村良平(内野謙太)、そして児童施設の寮長(鶴田忍)に張り付き、引き続き捜査を継続するが…。