三神(郭智博)の行方を追うために参考人としてマークしていた町村(内野謙太)の命が狙われ、亜希子(井上和香)は銃で撃たれた。やはりこれも三神の仕業なのか!?
そんなとき、「都内5箇所に1キロの爆弾を仕掛けた。爆発を回避したければ正午までに臨海埠頭に来い」と、川口刑事部長(里見浩太朗)宛に脅迫メールが届いた。
残された時間は3時間しかない。まもなく、鑑識課の丸岡(六平直政)から、千春(加藤夏希)が脅迫メールの発信場所を特定したとの連絡が。尾崎(小澤征悦)と結城(比嘉愛未)、小池(福士誠治)らは、三神の姿を追って手分けして奔走する。
一方の安積(佐々木蔵之介)は、川口刑事部長を護衛して、犯人が指定した埠頭へと向かう。指定された埠頭では、真山捜査一課長(高島礼子)ら捜査一係のメンバーが配置についていた。
安積が運転する覆面パトカーが指定場所へと向かう途中、川口刑事部長の携帯にメールが届いた。それは犯人からのメールで、場所を変えてAスタジアムへ来いという内容だった。
ほどなく、スタジアムへ到着すると、また犯人からの指示がメールで届く。犯人は、二人をカメラで監視しているようだ…。
まもなく、犯人が指示した位置へ川口刑事部長と安積が立つと、またもや指示が。その指示とは、正午までに川口刑事部長を、安積が射殺しろというものだった。
数万人の命を犠牲にはできないと、川口刑事部長は安積に自分を撃てと命令。その言葉を受けた安積は……!?