とある団地。カーテンが閉められた薄暗い室内で、アサルトスーツを着込んだNPS隊員・神御蔵一號（向井理）は壁に拳を当てて立っている。隣の部屋では銃を持った2人の男が、主婦と小学生の男児を人質にとり、立て籠もっている。一方、外からはSATの狙撃手・蘇我伊織（綾野剛）のライフルの照準が、銃を持ち周囲を伺う男をピタリと捉える。蘇我は狙撃の指示が出るのを、微動だにせず待っている。しかしSAT隊長・中丸文夫（髙嶋政宏）は、今回のSATの任務はNPSの後方支援のため別命があるまで待機をするしかないと命令をしてこない。
NPS隊長・香椎秀樹（大森南朋）は、「第3のS」の目的である「人質はもちろん犯人も、誰ひとり絶対に死なせるな」と無線で隊員たちに指示を出す。そして、香椎は突入のカウントを始める。
―この事件の半年前、2013年・夏―
元ボクサーの一號は引退後、都内の交番に勤務するいわゆる「街のお巡りさん」として地域住人のために、日々の仕事を懸命にこなす毎日を送っていた。
そんなある日、新宿の雑居ビルでひとりの刑事が脚を撃たれる。そこには大量の銃器類・手榴弾が置かれている。ビルの外に警察が集まってきた様子を見て、傷害やクスリ絡みの犯罪を派手にやっている、俗に言う「半グレ」（暴力団に属さず犯罪行為を行う不良集団）のリーダー格・興津（渋谷謙人）が、今から戦争だと仲間たちに声をかける。
総理から直ちにSATを投入せよとの命令が下り、蘇我らSAT隊員たちは現場へ出動する。隊長・中丸が無線で各隊員に制圧の命令を下そうとしたとき、警視総監から指示があるまで待機しろとの命令が。興津らは付近で女性を誘拐し、現金3億円と海外へ逃亡する航空機を要求してきたのだった。さらに興津らは日本の警察は人の命が第一だから人質がいると撃ち返せないとたかをくくり、窓から人質を突き落とす。最前線にいた銃対員・篠田（小澤亮太）は、人質を受けとめるつもりで列から飛び出してしまう。しかしその人質はマネキンで、篠田がそれに気づいた瞬間、銃声が響き篠田の身体が地面に打ち倒される。興津らは篠田を的に銃を乱射し、「警察狩りだ！」とからかうように叫ぶ。身動きが取れない他の銃対員たちのなか、野次馬の足止めのため応援警官として集められていた一號が、盾2枚を結合し篠田に向けて駆け出していく。周囲がどよめくなか篠田を守るように盾を構える一號に、興津たち「半グレ」集団の容赦ない銃弾の雨が降り注ぐ…。
そしてその頃、まだ公表されていない新設の特殊部隊チーム、第3の「S」が極秘に投入されていた！
