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　捜査一課が手に負えない特殊な事件を捜査するため、公安部が設立した未詳事件特別対策係、通称“ミショウ”。ミショウには、IQ201の天才であり変人の当麻紗綾（戸田恵梨香）と、警視庁特殊部隊（SIT）出身で叩き上げの瀬文焚流（加瀬亮）がいる。当麻と瀬文は、時間を止める…、人の心を読む…、未来を予言する…など、凡人にはない特殊能力（SPEC）を持つ犯罪者に対しても、SPECを逆手に取ったトラップを仕掛け、息詰まるような攻防を繰り広げる。そして、スペックホルダーとの死闘を重ねるうちに2人の間には信頼関係が生まれ、最大の敵を倒すことに成功したのだが…。
　1年後、目の療養で警視庁を休職中だった瀬文がミショウに戻ると、そこには係長待遇に降格した野々村（竜雷太）に代わり、係長に任命された市柳（でんでん）と組織犯罪対策部から異動になった吉川（北村一輝）の姿があった。

　数日後、奇妙な殺人事件が起きたとの連絡がミショウに入る。白昼の街中でマシンガンによる殺人事件が起き、女子高生が一人、生存しているという。しかもその女子高生は、「犯人は全身黒づくめで、瞬間移動して逃げた」と証言。撃ち合っていたらしき当事者の写真の中には、サトリ（真野恵里菜）の姿があった。
　当麻は、スペックホルダーの奪い合いの抗争が白昼堂々と行われた、と分析。早速、その生存者・久遠望（谷村美月）が入院する警察病院へ向かう。

心の奥底に本音を隠し続けている当麻。
その心の迷宮を知り、本来の当麻に戻そうとする瀬文。
この事件を通じて、当麻と瀬文に新たな絆が結ばれようとしていた…。