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警視庁は、未解決事件の捜査強化のため、捜査一課弐係（通称：ケイゾク）に加え、公安部に未詳事件特別対策係を設立した。通称、ミショウ。通常の捜査一課的手法では、捜査の対象にならないような特殊な事件を主に取り扱う。つまり、証拠がほとんどなく、また、目撃証言もほとんどないプロの犯行によるとされる事件や、国や政治、宗教団体がらみの不可解な事件など、捜査一課では手に余る事件を主に扱う。

ミショウの係長は、野々村光太郎(70) [竜 雷太]。のらりくらりの天才狸と言われた男が、嘱託で係長になった。一見風格もあるし、まず、年寄りを怒鳴るクレーマーはあまりいない。
「まあまあ、今、我々未詳事件特別対策係が全力を挙げて捜査してますから」
と、相手の怒りやテンションを受け止め、ずるずると、ごまかす。そんな効果が期待されての部署なのだ。

そんな野々村の下に、部下がつけられた。トラブルを起こしてミショウに飛ばされてきた二人。問題はあるけど、実力はハンパない。
一人は、当麻紗綾(24) [戸田恵梨香]。頭は異常によく、学校も行かず、塾も行かず、京大理学部に合格。しかも、京大在学中にFBIに何故かもぐりこみ、X-FILEの研究をしてきた変わり種。IQはなんと、201。頭が良すぎるため、上司を小馬鹿にし、しかも、オタクかと思ったら意外にケンカっ早い。ミショウに入って1年で犯人と格闘して大けがを負い、今でも左手はギプスのまんま、というつわものだ。
もう一人は瀬文焚流(36) [加瀬 亮]。現場のたたき上げ。警視庁の花形である警視庁特殊部隊(SIT)に大抜擢され、27歳の若さで小隊長の位置にまで上り詰めた凄腕。銃器の扱いは警視庁で一番、極真空手も師範代クラス。ところが、ある事件が理由で、ミショウに飛ばされた。

当麻と瀬文は、犯人が通常の人間ではないとしたら、どういうSPECの持ち主かと言う前提で、捜査を開始する。「犯人の、特殊な能力(UNKNOWN SPEC)は何か」を推理し、のうのうと逃げおおせようとしている犯人を追い詰めていく。当麻と瀬文はSPECを逆手にとり、ケンカし協力し合いながらトラップを仕掛け、犯人と息詰まるような攻防を繰り広げていく。