あらすじ：
水戸黄門2時間スペシャル／江戸（2006年3月13日放送）
徳川五代目将軍・綱吉（堤大二郎）の甥で、次の将軍職を継ぐと目されている、甲府藩の藩主・徳川綱豊（岡本竜汰）が、江戸で何者かに狙撃された。弾は外れ綱豊は無傷だが、江戸城には、綱豊の将軍就任に反対する勢力も残っており、城内に緊張が走る。
水戸の西山荘で平穏な日々を過ごしていた水戸光圀（里見浩太朗）は、新井白石（勝呂誉）が送った密使・茜（酒井美紀）と、助三郎（原田龍二）の報告で事件の発生とその裏に大きな黒幕がいることを知る。
黒幕とは老公を疎ましく思っている柳沢吉保（橋爪淳）と甲府の次席家老・大久保勘解由（中山仁）である。
老公は江戸へ出向き、事件後屋敷にこもっている綱豊を気晴らしのため市中へ誘い出した。吉原で柳沢の息のかかった商人・大前屋（石立鉄男）が、何や下心を持って二人に接近する。そこに現われたのが、紀伊国屋文左衛門（長門裕之）。
老公と文左衛門は旧知の仲だ。二人の正体を知り驚く大前屋は、文左衛門が吉原全てを買いきったと聞き、ほうほうの体で退散する。
老公は甲府の悪を懲らしめるため綱豊を伴い、助三郎、格之進（合田雅吏）と共に、甲府へ旅立つ。助さんに一目ぼれした女すり・おゆき（水橋貴己）は、老公の身分を知らぬまま、後を付いてくる。
道中、小田原で、不仲になったていた馬子の清吉（櫻木健一）とおよし（三浦リカ）夫婦を仲直りさせ、箱根では傾きかけた老舗温泉宿の女将・おその（柏木由紀子）の宿再建を手伝う。市井の人々に接し、綱豊は次期将軍としての自覚を深めてゆく。
一行を襲う忍者軍団。率いるのは柳沢と大久保の命を受けた宮内源三郎（本宮泰風）だ。一行はくノ一・北斗の桔梗（原史奈）にも助けられながら、甲府に到着する。
甲府では大久保が金鉱山を秘かに発掘して、藩の実権を握っていた。茜の父・五兵衛（松山政路）は、悪事の証拠をつかむため鉱山に潜入するが行方不明になっていた。綱豊の信頼厚い、城代家老の新田正信（沼田爆）は、毒を盛られ床に伏せたままだ。
綱豊は自ら悪を正すために、大久保一味が待ちうける金鉱山へと向かう。老公たちも駆け付ける。だが、多勢に無勢。次第に狭い坑道に追い詰められる。その時、突然の爆発が… 鳴神の夜叉王丸（山口馬木也）が退路を切り開いたのだ！