ある早朝、神南署管内で散弾銃と、500発もの実弾が盗まれた。安積（佐々木蔵之介）が現場に到着すると、鑑識係長の石倉（唐十郎）の姿があった。石倉は、犯人がすぐに別の事件を起こすだろうと予見。そしてその言葉どおり、現金一億円を積んだ輸送車が行方不明になったと、ほどなく神南署に通報が…。
安積と水野（黒谷友香）が警備会社へ訪れると、運転していたのは沖田（金井シゲル）という警備員だと聞かされる。また、沖田の家族に連絡をしているが、事件発生後から連絡がつかないという。安積は沖田が家族を人質にされて犯行に及んだ可能性があると考え、沖田の自宅へ急行するよう村雨（中村俊介）に命じる。
その数時間後、交通課の速水（細川茂樹）が速度違反で検挙した車から、一億円が発見された。運転していた小西（宮川一朗太）を神南署へ連行するが、小西は取り調べに対して黙秘を続けるばかりだ。
一方、事件の容疑者が逮捕されたとのニュースが流れて間もなく、「警備員を助けたければ30分以内に、逮捕した男に一億円を持たせて釈放しろ」と安積班に電話が。電話をかけてきたのは、主犯の岸本（岡本健一）だった。犯人の目的を小西に問いただす安積だが、小西は耳をふさぎ黙秘を続ける。
そして30分が経ったとき、神南署へ男が一人やってきた。署員が呼び止めると、隠し持った散弾銃をいきなり発砲。その男は岸本だ。銃を手に署内へ駆け込む岸本は、近くにいた警官と新聞記者の山口（安めぐみ）を人質にして、資料室へ立て籠もった！ 厳戒態勢の中、安積は内線電話で岸本との交渉を始めるが、「1時間以内に仲間を釈放しろ」との一点張りの岸本。
そんなとき、本庁の警部・高野（宇梶剛士）が特殊犯捜査係・SIT部隊を伴い署に現れると、以後は指揮は自分が執ると宣言。事件の背景を知るためにも、小西と話をする時間がほしいと進言する安積だが、「お前の指図は受けない！」と高野に一蹴されてしまう。
強硬手段で犯人を制圧しようとする高野に対して、一人も犠牲者を出したくないと、事件の真相を探る安積。果たして、事件の背景にあるものは？ 安積は犯人の凶行を止めることができるのか!?