安積那由他（山﨑賢人）は大手企業や販売元を介さず個人でゲームを制作する、通称「インディー」と呼ばれる若き天才ゲーム開発者。「ジョン・ドゥ」という名前で活動し、誰もその素顔を知らないことから「ゲーム業界のバンクシー」と称される存在。しかし、現在は自動車整備工場で働き、ゲーム開発からは離れ静かに暮らしていた。

そんな中、老舗玩具メーカーの「アトム玩具」は海外との価格競争などの影響で、廃業の危機を迎えていた。そこで一発逆転の経営再建をはかり、ゲーム制作へ参入すべく、「ジョン・ドゥ」を探し始める。資金もノウハウも持たないアトムは、藁にも縋る思いで「ジョン・ドゥ」とコンタクトを取ろうと奔走するが…。