全国にNPSの存在を周知させるため、NPSを代表してTVのインタビュー取材を受けることになった一號(向井理)。特殊部隊に所属する人間がカメラの前に顔を晒すことは、本来あり得ないことである。蘇我(綾野剛)らSATの隊員たちは、一號がTVのインタビューで顔を出しているニュースを複雑な思いで見ていた。創設以来30年。ひたすら身分を隠し、家族にも伝えず遺書まで書いて、ただこの国の治安を守るために汗を流してきたSATの隊員たちは、創設されて間もないNPSの行動に、同じ特殊部隊として屈辱と怒りが込み上げる。
そんな中、NPSとSATが合同訓練を行うことが決定する。挨拶に訪れた蘇我らと一號たちは訓練についての書類に目を通しながらも激しく睨み合い、合同訓練に不満を漏らす一號に、蘇我は冷たい視線を向け挑発するのだった。合同訓練は1日目の夜に『障害踏破訓練』、2日目は朝から『エントリー訓練』を行うことになっている。不穏な動きを感じていたNPS隊長・香椎(大森南朋)は、無事に訓練が終わることを祈るのだった。
そして、いよいよNPSとSAT、どちらがこの国を守るにふさわしい部隊かを決める合同訓練が始まる。号令と共に一號らは闘志をむき出しに障害踏破訓練へと駆け出すその頃、エントリー訓練の人質役に自ら志願していた秋(土屋アンナ)のもとに、国際テロリストとささやかれるM(オダギリジョー)の影が忍び寄っていた…