佐分利（桐谷健太）が発端となって起きた西洋医学所を揺るがす騒動は、仁（大沢たかお）が自ら医学所を去るという形で収まったかに見えた。しかし、西洋医学所には依然として仁のことをよく思わぬ医師たちが存在し、仁の医術を支持する洪庵（武田鉄矢）たちにもその影響は及んでいた。
ある日、茶屋の娘・茜（橋本真実）が誤って油をかぶり、大怪我を負ったことを知った仁は、咲（綾瀬はるか）と共に茜の家へ急行する。「治すには皮膚移植をするしかない」と判断した仁は、必要となる大量のペニシリン生産を洪庵に依頼。快く引き受ける洪庵だったが、「その手術を自分の知人にも見せたい」と、仁に申し出る。
そして、洪庵とその知人である濱口（石丸謙二郎）が見守る中、茜の皮膚移植の手術が始まった。手術は順調に進み、その医術を目の当たりにした濱口も驚きを隠せない。しかしこの後、仁たちを待ち受けていたのは、予想もしない出来事だった−。