幕末の江戸へタイムスリップしてしまった仁（大沢たかお）は、謎の男の正体がかの英雄・坂本龍馬（内野聖陽）であることを知り、あ然とする。
そんな中、江戸の町では「コロリ」という名の死の伝染病が、再び猛威を振るおうとしていた。江戸が“死の都”になることを恐れた西洋医学所の頭取・緒方洪庵（武田鉄矢）は、佐分利祐輔（桐谷健太）の口から仁の体得している進んだ医療技術について聞きつけ、橘家を訪問。仁に、「コロリの治療法を指導してほしい」と頭を下げる。だが、「自分がこの時代で生きることは、誰かの運命を変えてしまうことになるのかもしれない」と不安を抱きはじめていた仁は、「コロリという病気を知らない」と嘘をつく。
その矢先、咲（綾瀬はるか）と共に訪れたタエ（戸田菜穂）の家で、喜市（伊澤柾樹）が激しく嘔吐し倒れてしまった。コレラに苦しむ人々の姿を目の当たりにした仁は・・・！？