神南署に誰よりも早く出勤する桜井（山口翔悟）の姿がない。同じ独身寮住まいの須田（塚地武雅）と黒木（賀集利樹）も姿を見ていないという。そこに金子課長（田山涼成）が怒鳴り込んできた。本庁に「神南署の、桜井刑事を誘拐した」というメールが送られてきたのだ。犯人は桜井の身柄と引き換えに、平成１３年に南関東刑務所に収監された受刑者全員の釈放を要求してきた。安積（佐々木蔵之介）は、原宿にあるバーの店員・水谷（柄本時生）を探して話を聞くよう指示する。昨夜、安積は桜井と飲んでいたのだ。この緊急事態に、本庁の刑事たちが神南署にやってくる。そして高城管理官（佐野史郎）の判断で、安積班はこの事件の捜査から外されてしまう。安積は高城に真意を聞くが、高城は「これはテロであり、犯人の要求には応えない。この判断に従わない可能性がある者は、捜査員に加えられない。」と言い放つ。

署で待機する黒木たちは、苛立ちを隠せない。そんな中、村雨（中村俊介）は冷静に犯人の分析を始める。何故、警官である桜井を誘拐する必要があったのか。犯人は警察に恨みを持つ者かもしれない…。そして安積は、釈放対象者のリストから１人の殺人犯を見つける。人質になった小さな女の子が殺害された事件の犯人で、若き安積も捜査に加わっていた。警察の判断ミスが事態を悪化させた、痛ましい事件だった。

安積は思い立って、その子の父親・宏介（ベンガル）に会いに行く。宏介はあの事件で娘を失い妻とも離婚し、その妻も先頃ガンで亡くなったという。警察に嫌悪感を抱く宏介は、安積に出て行けと激昂する。しかし安積は宏介に昨夜のアリバイを確認する。