外宇宙に突如現れた正体不明の敵・ガミラスが、地球への侵攻を開始した。世界各国は全戦力を結集して防衛にあたったが、全軍壊滅。ガミラスによって投下された無数の遊星爆弾で、人類の大半は死滅してしまった。それから5年後、2199年。地球は、遊星爆弾の放射能で汚染され、いまや滅亡の時を迎えようとしていた。わずかに生き残った人々は地下へ逃れ、絶望の中で暮らしている。その中には、かつて地球軍のエース・パイロットとして戦った古代進の姿もあった。古代は、ガミラスの攻撃で家族を失った哀しみから立ち直ることができず、軍を退いていたのである。

そんなある日、地球に未確認物体が落下してきた。それは銀河系の彼方、14万8千光年先にある惑星・イスカンダルから放たれた通信カプセルであった。カプセルの情報によると、イスカンダルには放射能を浄化できる装置が存在するという。それは人類にもたらされた最後の希望であった。地球防衛軍は最後の宇宙戦艦【ヤマト】を建造し、イスカンダルへの派遣を決定した。そして、戦場への復帰を決意した古代は、ヤマトへの乗艦を志願する。地球滅亡まであと１年。いま、ヤマトの壮絶なる戦いの旅が始まった。