徳川家に生まれた斉道（岡田将生）は、孤独で退屈な日々を送っていた。ある晩、家臣の瀬田助次郎（小出恵介）が眠れぬ斉道に言った。「私の故郷・瀬田村の山には天狗がおります…」助次郎の話に興味を持った斉道は、瀬田村へ向かう。
瀬田山で生まれ育った雷（蒼井優）は、父・理右衛門（時任三郎）と二人きりで自由奔放に暮らしていた。山が乱されないよう、山に入った村人を脅して追い払っていた雷。やがて村人の間で噂が広がった。「瀬田山には天狗がいる…」
斉道は瀬田村に向かう道中、御用人の榎戸角之進（柄本明）らが止めるのも聞かず、一人「天狗の棲む山」へ馬を走らせる。そこで斉道は雷に出会う。 村に戻った斉道は助次郎に「女の天狗に出会った」と話す。すると、助次郎が斉道に告げた。「その天狗は、二十年前に誘拐された私の妹、遊に違いありません」
雷は村へ戻り、遊として生きた。そして斉道と遊は、美しくも奇妙な巨木《雷桜》の下で再会する。山の外を知らない遊は、“身分の違い”など意識せず、まっすぐな気持ちで斉道に向き合う。斉道にとって遊は、初めて“殿”という立場抜きに話せる存在となった。互いに惹かれあう二人。しかし、周囲がそれを許すはずはなかった―
男は愛する者のため、別れを決意する。そのとき女は、命をかけた勝負に出る―