5人の別班を売った野崎がたどり着いた異国の地、彼を待ち受けていたのは、今作最大の宿敵となる組織だった。その組織の名は…第2シーズン本格始動！！！

囚われた5人の別班を追う乃木（堺雅人）は、ノゴーン・ベキ（役所広司）脱獄を実行した新庄（竜星涼）を主犯と見て、タイへ渡った。その乃木の前に新たなる別班員として姿を現したのは、丸菱商事の長野専務（小日向文世）。長野の協力により、新庄を追い詰め拷問する乃木だったが、別班の一件には新庄が関与していないことを知る。

そして遂に、別班を捕らえた真犯人が姿を現す！！！
それは、バルカで出会い命を助けられた恩人、公安の野崎（阿部寛）だった。
野崎の暗躍の全貌が明かされる。