龍の扉の謎を解き、漆黒の闇が広がる地下室に足を踏み入れたキュウとメグ。しかし、何者かによってそのまま地下室に閉じ込められてしまう。さらに、暗闇に放たれた毒蛇に噛まれてしまうメグ。とりあえずの応急処置をするが、このままではメグの命が危ない。必死に脱出のヒントを探すキュウ。
　そのころキュウ達の異常に気がついたキンタ、カズマ、リュウの３人。Ａクラスの郷田、獅子戸も合流して旧校舎に集まる。２人の行方を追って捜査を開始する。しかし不自然な痕跡はあるものの、決定的な手がかりが見つからない。あせるキンタとカズマ。「ＤＤＳ探偵心得第２１条。証拠探しはまずゴミから」リュウは捜査の基本に戻ることを提案する。そして焼却炉からはキュウ達のカバンのほか、毒蛇が入っていたポットも発見される。キュウ達に命の危険が迫っていること感じ、戦慄するリュウ達。
　果たして、キュウとメグを閉じられた地下牢獄から救い出すことができるのか？