遂に本格的に動き出した謎の組織"冥王星"。そのアジトでは着々とＤＤＳに対する新しい動きが始まっていた。
　一方ＤＤＳでは団探偵社の凄腕の探偵・本郷巽が、新任の教師として赴任してきていた。捜査中の事故で入院していた本郷。退院後、ＤＤＳの育成強化と冥王星対策という方針のもとにＱクラスの担当になる。探偵として数々の修羅場をくぐってきた本郷は、Ｑクラスの甘さを指摘。初日から厳しい授業態度でのぞむ。圧倒されるキュウ達。
　授終了後、本郷によって旧校舎の掃除を命じられるキンタ。しかしバイトを理由にキュウに押しつけて帰ってしまう。仕方なく掃除を始めるキュウとそれを手伝うメグ。資料室の掃除を始めた二人は、ふとしたところから龍の絵が描かれた奇妙な扉を見つける。建物の設計図にもない謎の扉。この建物には隠された部屋がある！この謎にすっかり魅せられたキュウは、不思議な扉の秘密を解明しようと推理を始める。
　そしてそんな二人を物陰から見つめる不気味な黒い影があった。