DDSへの入学式の日が来た。無事、試験に合格したキュウは、やはり合格したメグ、 キンタ、カズマとともにDDS内を見て回ることにする。日本一権威のある探偵学校だけあって、 校内には探偵に必要なあらゆる技術を身につけるための施設がいっぱいだ。
　ひと通りを見て回った四人は、いよいよクラス発表を見に行くことにする。DDSは、試験の成績順にAクラスからDクラスまでに振り分けられるのだ。ところがAクラスからDクラスまでの中に彼らの名前はない。不安になる四人。だが、最後に発表された『Qクラス』の中にようやく自分たちの名前を見つけてほっとする。そんなとき、DDSのスタッフが、この学校の校長にして日本一の名探偵・団　守彦あての脅迫状を発見する。それによると、学園内に三個の爆弾を仕掛けたと言うのだ。そうしている間に一個目の爆弾が爆発し、学園内は緊迫。間もなく怪しい人物は捕らえられるが、その直後、二個目の爆弾が爆発する。残る爆弾はあと一個。犯人の供述によれば、最後の爆弾は十分後に爆発する時限爆弾で、仕掛けた場所は教えられないということだった。生徒たちの無事を願う団は、キュウたちにもすぐ避難するようにいうが、いてもたってもいられないキュウは、メグやキンタ、カズマと協力して、三個目の爆弾のありかを見つけようと必死の推理を行う。そして導き出された答えは……？