次々と殺される現金強奪事件の容疑者たち。
仲間割れか、それとも別の犯人の仕業なのか？
七年前に起きた拉致監禁事件の被害者女性が事件の鍵を握る。
全ての謎を乗せ特急あずさが発車する。

西本刑事（堤大二郎）の携帯電話に、かつての恋人・河合けい子（西本はるか）から突然連絡が入る。けい子は「特急あずさ」に一緒に乗っていたと証言して欲しいと緊迫した声で話し、電話は切れた。
数日後、けい子が絞殺死体となって発見された。十津川警部（渡瀬恒彦）が捜査を指揮する。殺されるほどの事情とは何か。けい子がアリバイを依頼した日時には、都内で現金強奪殺人事件が起こっていた。どうやらけい子はこの事件に関わっていたらしい。この強奪事件は佐々木警部（石丸謙二郎）の担当だ。佐々木は十津川にライバル心を抱いており、事あるごとに十津川と衝突する。
十津川は生前のけい子の勤務先の社長、橋野要（高橋和也）を訪ねる。犯罪スレスレの悪事を繰り返している橋野は、強奪事件があった時刻には特急あずさに乗っていたと、ふてぶてしい態度で語った。婚約者の新井優子（星野真里）が証人だという。
十津川と西本はアリバイを確かめるため、優子が経営する安曇野のペンションへ向かった。しかし、そこには橋野が先回りしていた。優子はなぜか橋野を異常に恐れ、多くを語らない。後日、東京に戻った十津川に優子から電話が入った。元判事の内田聡介（山本圭）が橋野について知っているという。
内田の話は衝撃的だった。優子は七年前橋野に拉致監禁された被害者だというのだ。拉致から三年後、優子は橋野のもとから自力で逃げ出し警察に保護された。この事件の判事が内田だったのだ。
優子が負った心の傷は大きく深いが、橋野はほんの数年服役しただけで出所した。事件後、消息を絶った優子だったが、執念深い橋野は優子が安曇野にいることを突き止める。恐怖に凍りついた優子は、橋野から逃れることができず、言うなりに操られ、結婚の約束までさせられているという・・・。その事実を知った時に、内田は法の無力さを思い知ったのだと十津川に語った。内田の仲間で元検察官の長嶺悟（長谷川哲夫）と元弁護士大賀達郎（中村方隆）も十津川に協力を約束する。
拉致監禁の被害者は、加害者から解放されたあともしばしば想像を超える恐怖心を抱いているという。客観的に見て逃げられる状況であっても、過去の体験から生まれる恐怖心によって、その場から逃げ出すことができなくなってしまう、そして、まるでロボットのように、自分の感情さえも失ってしまう!)!)。専門医から拉致監禁被害者の現実を聞いた十津川は、優子が負った傷の深さに愕然とする。
そんな中、事件が動いた。強奪事件の容疑者が二人連続して殺されたのだ。殺された二人の素性を知り、十津川は強奪事件の主犯格が橋野だと確信する。二人とも、これまで橋野と悪事を繰り返してきた仲間だったからだ。佐々木警部は、河合けい子殺しと二人の殺害は強奪犯グループの仲間割れに過ぎない、と主張するが、十津川は凶行を重ねる殺人犯の手際の良さが気にかかり、強奪犯とは別の人物の犯行だと推理する。
さらに、見張りの警察の隙を突き、橋野が姿を消した。続いて優子も何者かに誘拐される。十津川は、殺人犯が橋野をおびき出すために優子をさらったのだと見抜いた。優子を無事救出するよう、電話をかけてきた橋野に十津川はそのために手を組もうと提案する。橋野は謎の人物と特急あずさの中で、優子と盗んだ現金の交換をするという。十津川も列車に乗り込んだ。事件のすべての謎を乗せて、運命の「特急あずさ13号」が新宿駅を発車した！