バル・マスケとの戦いを終え、平和を取り戻した御崎市。
シャナと悠二は町にとどまり、穏やかな日々を過ごす。
だが、悠二を、宝具「零時迷子」を狙い新たな“徒”が現れる……。
夏休みが終わり、2学期が始まった。いつもと変わらない校舎。積極的に吉田さんに声を掛けてる池。妙にぎこちない緒方と田中。シャナを心配し、学校を視察しようとするヴィルヘルミナ。シャナと共に闘ったあの夏祭りの夜がまるで嘘だったかのような風景に、悠二は嬉しささえ感じていた。
だが、悠二はそんな風景に違和感をおぼえ始める。シャナが英語教師に意見するのも、吉田さんが持って来てくれた手作りのお弁当も、まったく同じことを自分は経験しているのではないか。
それはやがて確信に至り、この世界から抜け出すべく、悠二は1人で姿の見えない“徒”に立ち向かおうとする。
