西暦2025年、ゼブラシティとなった東京。そこは、ゼブラタイムとともにゼブラクイーンが過激に歌い、ゼブラポリスが5分だけ虐殺を続ける都市。この世界は何なのだ？ゼブラーマンが地球を救って15年、平和が訪れたのではなかったのか？ゼブラーマンの記憶とともに全ての謎が明かされる時、地球存亡を賭けた戦いが始まる！