東京オリンピックを1年後に控えた昭和38年（1963年）夏、国内産業保護法成立を目指す戦いに敗れた風越慎吾（佐藤浩市）は古畑晋介（佐藤B作）通産大臣による前代未聞の人事介入で次官内定を取り消され、通産省の外局である特許庁長官へ異動となった。一方、玉木博文（船越英一郎）前特許局長は異例の本省返り咲きを果たし、次官として通産省トップの座に就いた。玉木率いる通産省は片山泰介（高橋克典）ら「国際通商派」が主要ポストを占め、風越率いる「国内産業保護派」の鮎川光太郎（高橋克実）と庭野貴久（堺雅人）は、閑職の鉱山保安局へと追いやられていた。
その頃、通産省内では、国産旅客機の開発支援が最重要課題となっていた。それは、池内信人（北大路欣也）総理大臣の「オリンピックの象徴である聖火を国産初の旅客機で運ぶ姿を全国民に披露し、先進国の仲間入りを果たす」という強い意向によるものだった。しかし、国産旅客機は米連邦航空局の飛行審査で不合格を言い渡され、問題点を改善できなければ東京オリンピックで聖火を運べなくなってしまう。航空機メーカーは、問題点の究明と機体の改修のためには、現行の国産コンピューターの処理能力では限界があり、期限までに間に合わないと主張。玉木や重工業局長となった片山も、コンピュータ産業も自由化して、米国IDN社製のコンピューターを導入して対処すればいいと考えていた。
日本のコンピューター産業が、潰されかねない状況にあることを知らされた風越は、状況を打破するため池内を訪ねる。国産コンピューターでの開発にこだわることで、国産旅客機の完成が間に合わなくなることを危惧する池内だったが、外局へ出されても変わらない風越の熱意に触れると、「お前とはもっと話をしておくべきだった…」と池内がつぶやく。
時を同じくして、鉱山保安局へと移動させられた鮎川と庭野は、石油の自由化で疲弊していた石炭産業の救済に奔走していた。そんな二人に促されて、風越も問題が起こっている現場へと向かった…。